根据《企业所得税法》及其实施条例和国家税务总局《关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)>的通知》(国税发[2008]116号，以下简称国税发[2008]116号)的有关规定，企业对实际发生的、符合条件的研发费用，应当根据财务会计核算和研发项目的实际情况进行收益化或资本化处理，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，在按照规定据实扣除的基础上，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额;研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。
　　国家此项税收优惠政策旨在鼓励企业进行新技术、新产品、新工艺的研究开发，这对企业的发展是非常有利的。但是在实际执行中，一些不符合规定的企业也在盲目的申报加计扣除研发费用，这必然会给企业带来涉税的风险。
　　其实，研发费加计扣除的优惠政策，并不是适用于所有企业，根据国税发[2008]116号第二条 “本办法适用于财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业(以下简称企业)”的规定，研发费加计扣除的优惠政策只适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的居民企业，因此有三类企业不能享受加计扣除研发费的优惠，一是非居民企业;二是核定征收企业;三是财务核算不健全、不能准确归集研究开发费用的企业。这三类企业在企业所得税汇算清缴的时候不能申报加计扣除研发费用。
　　根据国税发[2008]116号的规定，申请加计扣除不需要事前在税务机关办理行政许可、备案、审批等手续，仅需要在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，按照规定报送有关资料，即可自行申报加计扣除研发费用。由此可以看出，对研发费用的加计扣除属于一种自主申报式的扣除。但是，企业不能因此就随意申报加计扣除，企业还应当对照加计扣除对象的适用范围，对不属于加计扣除对象范围的企业，就不能盲目申报加计扣除研发费用，以免给事后税务检查留下涉税风险。