问：我公司丢失了销售方开具的货物运输业增值税专用发票的发票联和抵扣联，未认证，请问如何办理抵扣?

答：出具《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》。另外，根据《国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知》(国税发〔2006〕156号)第二十八条的规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》(附件5)，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。因此，你公司可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》进行认证抵扣。